Be great

#CentOS 6 
[root@localhost ~]# vi /etc/sysconfig/network 
HOSTNAME=myhost 

#CentOS 7 
[root@localhost ~]# hostnamectl set-hostname myhost

변경 후 ssh 재접속.

gnomAD란 gnome aggregation database의 줄임말로 전 세계의 다양한 large-scale exome과 genome sequencing 데이터를 모은 데이터 베이스이다.

https://gnomad.broadinstitute.org/

v2(GRCh37/hg19)와 v3(GRCh38)로 나누어져있으며 각각 독립적인 데이터이기때문에 Reference 버전에 따라 선택하면 된다. v2 기준으로 125,748개의 exome sequence와 15,708개의 whole-genome sequence를 가지고 있다.

데이터 다운로드는 아래 주소에서 할 수 있다.

https://gnomad.broadinstitute.org/downloads

주요 사용처는 variant calling에 사용되는데 예를 들어 GATK4 버전에서 somatic variant calling을 위해 Mutect2를 쓸 때 옵션으로 들어가는 정보가 gnomad이다. 

string의 format 함수로 글자 길이 고정하기.

print('{:<5s} [{:20s}] {:^30s} {:>5s}'.format('#####', time.ctime(), cnt_step,'#####'))

들여쓰기 하고 싶은 방향에 따라 <, ^, >를 넣어주면 된다.

통합 개발 환경 플랫폼 Eclipse를 사용하여 linux 서버에 ssh로 연결하여 스크립트 실행, 코딩 등을 할 수 있다.

프록시 등 기본 기능도 지원하고 있으며 vi를 쓰지 않아도 되고 ftp도 동시에 지원가능한 것이 가장 큰 장점인듯하다.

추가 편의 기능에 대해서는 차차 업데이트 하고 초기 셋팅만 설명하려고 한다.

최신버전 eclipse 다운로드 - https://www.eclipse.org/downloads/

다운로드받고 설치할 때 무슨 버전을 받을지 물어보는데 사용하는 언어에 맞게 설치하면 된다. 어차피 패키지 다운로드 받으면 필요한 기능은 다 사용할 수 있다.

Remote System Explorer를 설치하기 위해 Help -> Install New Software. work with에

http://download.eclipse.org/releases/luna를 입력한다. Remote를 검색하여 Remote System Explorer End-User Runtime를 설치한다.

오른쪽 하단 설치바가 끝까지 가면 Eclipse가 재시작되고 난 후 Window -> Perspective -> Open Perspective -> Other에서 Remote System Explorer를 찾는다. 

새로운 창에서 New Connection을 찾고 SSH Only로 접속한 후 Host name에 주소를 입력하고 진행하면 된다.

proxy를 사용해서 접속해야 한다면 Configure proxy setting에 들어가서 Active Provider를 Manual로 바꾸고 SOCKS에 값을 입력하면 된다.

Google Cloud Platform에 올라와있는 데이터를 다운로드하기위해서 설치한다.

https://cloud.google.com/sdk/docs/downloads-yum?hl=ko

1. 링크에 쓰여져 있는대로 repository에 cloud SDK 정보를 업데이트 해주어야 한다.

sudo tee -a /etc/yum.repos.d/google-cloud-sdk.repo << EOM
[google-cloud-sdk]
name=Google Cloud SDK
baseurl=https://packages.cloud.google.com/yum/repos/cloud-sdk-el7-x86_64
enabled=1
gpgcheck=1
repo_gpgcheck=1
gpgkey=https://packages.cloud.google.com/yum/doc/yum-key.gpg
       https://packages.cloud.google.com/yum/doc/rpm-package-key.gpg
EOM

2. Cloud SDK를 설치한다.

yum install google-cloud-sdk

3. 데이터를 다운로드 한다.

gsutil cp gs://gatk-best-practices/somatic-b37/* .