Illumina 시퀀싱에서 약 10-12개의 염기가 균등하게 분포하지 않는 패턴을 보인다. gDNA에서는 조금 더 드물지만 mRNA-seq에서는 대부분의 데이터가 이러한 패턴을 보이는데 이유를 찾아보았다.
Illumina에서는 이러한 현상의 원인을 랜덤프라이머를 제작하여 시퀀싱을 진행하지만 랜덤 프라이머가 완전한 랜덤이 아니기때문이라고 얘기한다.
아래 plot은 bisulfite-seq 이다. bisulfite 처리로 인해 CtoT 변화로 C의 비율은 낮고 T의 비율이 높게 나온다. 하지만 그와 별도로 여전히 10개의 염기의 비율이 특이적이다.
해당 부분은 분석에 크게 영향을 주지 않으니 무시하고 진행하여도 상관없다.
Reference -
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=11843
Trimming left end (5') of reads?? - SEQanswers
Thanks for your reply, Brian. I have mRNA Illumina 100bp paired end reads. I have already removed the adapters, but still have that same the high variation on GC% at the 5' end. For the library prep, TruSeq mRNA prep was used, that's why I am guessing I ha
seqanswers.com
http://nar.oxfordjournals.org/content/38/12/e131
Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming
Abstract. Generation of cDNA using random hexamer priming induces biases in the nucleotide composition at the beginning of transcriptome sequencing reads from
academic.oup.com
'bioinformatics' 카테고리의 다른 글
| HLA genotyping (0) | 2020.02.21 |
|---|---|
| SnpEff 빌드하기 (0) | 2019.09.30 |
| DNA methylation (0) | 2019.06.18 |
| NGS 기술을 이용한 Methylation 분석 (0) | 2019.06.17 |
| KEGG Mapper 사용법 (2) | 2018.11.15 |