SnpEff 빌드하기

SnpEff는 기본적으로 지원하는 genome 데이터가 있지만 manual하게 빌드하여 SNP의 효과를 예상 할 수도 있다.

 

SnpEff 설치 후 설치 폴더 내에 생성되는 snpEff.config 파일을 수정해 주어야 한다.

 

/PATH/TO/INSTALL/SnpEff/snpEff.config 파일 내에 아래 내용을 추가한다.

 

# genome for test 
test.genome : testtest

test.genome의 test가 이 genome의 식별 코드이다. 뒤에 testtest는 어떠한 영향을 주는지는 잘 모르겠다. 다른 글을 참조했을때 보통은 종 이름을 쓰는 듯 하다.

 

 

이후에 /PATH/TO/INSTALL/SnpEff/ 폴더 내에 /data/test/ 폴더를 생성하고 빌드하고자 하는 genome 서열과 annotation 파일을 아래의 형식으로 옮긴다.

 

mkdir data/test/
cp original_genome.fasta data/test/sequences.fa
cp original_annotation.gtf data/test/genes.gtf

 

모든 준비가 완료되면 빌드를 시작한다.

 

java -jar snpEff.jar build test