GC bias in the first few bases.

Illumina 시퀀싱에서 약 10-12개의 염기가 균등하게 분포하지 않는 패턴을 보인다. gDNA에서는 조금 더 드물지만 mRNA-seq에서는 대부분의 데이터가 이러한 패턴을 보이는데 이유를 찾아보았다.

 

 

Illumina에서는 이러한 현상의 원인을 랜덤프라이머를 제작하여 시퀀싱을 진행하지만 랜덤 프라이머가 완전한 랜덤이 아니기때문이라고 얘기한다.  

 

아래 plot은 bisulfite-seq 이다. bisulfite 처리로 인해 CtoT 변화로 C의 비율은 낮고 T의 비율이 높게 나온다. 하지만 그와 별도로 여전히 10개의 염기의 비율이 특이적이다.

 

 

 

 

해당 부분은 분석에 크게 영향을 주지 않으니 무시하고 진행하여도 상관없다.

 

 

 

Reference -

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=11843

Trimming left end (5') of reads?? - SEQanswers

http://nar.oxfordjournals.org/content/38/12/e131

Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming