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MPC 설치하기

 

 

 

GMP, MPFR과 마찬가지로 GNU에서 제공하는 C library이다.

 

반드시 GMP, MPFR 설치 후 진행해야 한다.

 

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

 

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

 

 

홈페이지는 - http://www.multiprecision.org/ 이다.

 

다운로드는 다운로드 탭으로 들어가면 된다. http://www.multiprecision.org/index.php?prog=mpc&page=download

 

1.0.3 버전으로 진행하였다.

 

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
tar zxf mpc-1.0.3.tar.gz
cd mpc-1.0.3
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPC --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

 

 

 

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MPFR 설치하기

 

 

 

GMP와 비슷하게 GNU에서 제공하는 C library이다. GCC 설치에 필요하다.

 

반드시 GMP를 설치한 후에 진행해야 한다!!!

 

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

 

 

홈페이지 - http://www.mpfr.org/

 

최신버전은 http://www.mpfr.org/mpfr-current/ 에서 다운로드 받을 수 있으며

 

현재 최신버전인 3.1.6 버전으로 진행하겠다.

 

wget http://www.mpfr.org/mpfr-3.1.6/mpfr-3.1.6.tar.bz2
tar -xvf mpfr-3.1.6.tar.bz2
cd mpfr-3.1.6
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

 

gmp가 설치되어 있는 폴더를 넣어주어야 제대로 configure가 진행된다.

 

 

 

 

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GMP 설치하기

 

 

 

GNU에서 제공하는 library로서 GCC 설치를 위해 필요하며 설치 방법을 소개하고자 한다.

 

최신 버전은 받기 위해서 홈페이지 - https://gmplib.org/ 에 접속한다. 

 

다운로드에 보면 여러 압축 방식으로 제공하고 있다.

 

tar.bz2 압축 파일을 받아서 진행하고자 한다.

 

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.1.2.tar.bz2
tar -xvf gmp-6.1.2.tar.bz2
cd gmp-6.1.2
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make check && make install

 

정상적으로 설치되었다면 /PATH/TO/INSTALL/GMP/lib 폴더 안에 libgmp 파일을 확인할 수 있다.

 

 

 

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GCC 설치하기

 

 

 

GCC 홈페이지 - https://gcc.gnu.org/

 

GCC는 GNU C Compiler의 약자로서 일반적인 프로그램 설치를 위해 많이 쓰인다.

 

9/19/2017 기준으로 최신 버전은 7.2이다. 최근 1~2년 사이에 major update가 많이 진행되었는지 숫자가 높아졌다.

 

 

설치 방법은 어렵지 않지만 depedency가 있다.

 

gcc를 설치하기 위해서는 gmp 4.2+, mpfr 2.3.1+, mpc 0.8.0+ 가 필요하다. 

 

 

root권한이 있다면 libgmp-dev, libmpc-dev, libmpfr-dev를 시스템에 설치하면 되지만 local로 설치할 때는 각각 설치한 후 PATH를 잡아주는 번거로운 작업을 거쳐야 한다. 

 

Ubuntu

sudo apt-get install libgmp-dev libmpfr-devl libmpc-dev

 

Red Hat and Fedora

sudo yum install gmp gmp-devel mpfr mpfr-devel libmpc libmpc-devel

 

Manual install

 

gmp, mpfr, mpc은 아래의 포스팅에서 설치방법을 확인할 수 있다. gmp, mpfr, mpc 순서대로 설치해야 한다.

 

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

 

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

 

2017/09/19 - [linux] - MPC 설치하기

 

 

이제 gcc를 설치하기 위해 가까운 미러 사이트인 일본 (http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/)에 들어가서 원하는 버전을 다운 받자. 

 

현재 최신버전인 7.2 버전으로 진행하였다.

 

wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-7.2.0/gcc-7.2.0.tar.gz

tar -zxf gcc-7.2.0.tar.gz

cd gcc-7.2.0

./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GCC--with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-mpc=/PATH/TO/INSTALL/MPC 

make && make install

위의 명령어에서 gmp, mpfr, mpc를 Manual하게 설치하지 않았다면 configure할 때 PATH는 따로 잡아주지 않아도 된다.

 

 

 

make 할 때 에러가 떠서 아래처럼 fix했다.

 

1.

error: 'GATHER_STATISTICS' was not declared in this scope

 

라는 에러가 뜨면서 설치가 중단됐는데 아래와 같이 변수를 unset해주니 해결됐다.

 

unset LIBRARY_PATH CPATH C_INCLUDE_PATH PKG_CONFIG_PATH CPLUS_INCLUDE_PATH INCLUDE

출처 : https://stackoverflow.com/questions/29981492/gcc-4-9-2-installation-failed-on-linux

 

 

2.

 

libmpc.so.3가 잡히지 않아서 LD_LIBRARY_PATH로 library 경로를 따로 잡아주었다.

export LD_LIBRARY_PATH=/PATH/TO/INSTALL/GMP/lib:/PATH/TO/INSTALL/MPFR/lib:/PATH/TO/INSTALL/MPC/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

 

3.

configure: error: I suspect your system does not have 32-bit development libraries (libc and headers). If you have them, rerun configure with --enable-multilib. If you do not have them, and want to build a 64-bit-only compiler, rerun configure with --disable-multilib. 

64bit only compiler로 하고싶지 않아서 --enable-multilib 옵션을 추가하였다.

 

 

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Phylip 설치 및 실행하기




홈페이지 - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html


University of Washington에서 만든 간단한 phylogenetic tree를 그려주는 프로그램이다.


몇 안되는데 True or False 값으로만 유전자 존재 유무를 체크하고 그려주는 binary phylogenetic tree 프로그램이다. MSA로 진행하는 프로그램을 Cluster Omega를 포함해서 많으니 그 쪽을 참고하기 바란다. binary input을 사용하는 모듈은 clique이다.


주의해야 할 점은 발현하는 유전자 FPKM cutoff를 주고 그 이상 발현되는 유전자만을 따로 추려내도록 해야 한다. 


mis-aligned된 reads로 인한 FPKM을 고려하지 않으면 결과가 의도치 않은 방향으로 나올 것이다.



윈도우 버전으로 사용할 때는 따로 설치는 필요 없고 다운받은 파일의 압축만 풀면 된다.


Linux 버전으로 사용할 때는 tar.gz 파일을 받아서


tar -zxf phylip-3.696.tar.gz

cd phylip-3.696/src/

make -f Makefile.unx install


하고 나면 phylip-3.696/exe 폴더 내에 실행파일이 생긴 것을 확인할 수 있다.



실행파일을 열면 바로 infile이 없다고 나오면서 inputfile의 이름을 넣으라고 나오는데 윈도우에서는 실행한 위치에 파일이 있어야 읽을 수 있다. linux에서는 실행한 곳에 파일이 있으면 된다.


inputfile의 format은 윈도우버전의 exe/testdata 폴더 안에서 확인할 수 있는데 프로그램이 오래 전에 만들어져서 tab으로 간격을 두지 않고 띄어쓰기의 숫자로 간격이 정해진다. 


반드시 testdata를 보고 띄어쓰기의 개수를 맞춰서 진행하면 에러 없이 진행되는 것을 확인할 수 있다.




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