Arrow/Quiver 설치 및 사용하기

PacificBiosciences 에서 제공하는 Arrow/Quiver 설치 및 사용하기.

Pacbio only assembly는 Canu나 Falcon 등의 프로그램으로 진행됨. assembly가 끝나고 난 뒤 polish과정을 거쳐야 하는데 polish는 SNPs이나 small tandem repeat등으로 인해 assembly에 생기는 작은 오류를 수정하는 과정이다.

과거에는 Quiver라는 이름으로 제공되었으나 legacy가 되고 Arrow로 이름이 바뀌었다.

(정확히는 프로그램 이름은 여전히 Quiver이나 안에 있는 알고리즘이 Arrow가 쓰이는 것이다.)

git hub에서 GenomicConsensus라는 이름으로 제공되는 패키지를 받아서 설치해야한다.

git clone https://github.com/PacificBiosciences/GenomicConsensus.git

GenomicConsensus는 Python 모듈이며 2.7+ 버전을 요구한다. (3.X버전은 안됨)

git clone 설치 후 

python setup.py install

로 설치 가능한데 

아래와 같은 dependency가 필요하다.

        'pbcore >= 1.2.9',

        'pbcommand >= 0.3.20',

        'numpy >= 1.6.0',

        'h5py >= 2.0.1',

        'ConsensusCore >= 1.0.1'

        # , 'ConsensusCore2 >= 0.9',

 

다른 모듈들은 pip 등으로 설치 가능하나 ConsensusCore는 따로 설치해 줘야 한다.

ConsensusCore2는 legacy로 들어간듯 하고 그냥 ConsensusCore를 설치하면 된다.

git clone https://github.com/PacificBiosciences/ConsensusCore.git

Pacbio에서 만든 파이썬 모듈같다. 위와 마찬가지로

Python setup.py install 

하면 되는데 이번엔 SWIG를 설치하라고 한다....

SWIG는 인터페이스 컴파일러라는데 정확히는 뭔지 파악 불가..

http://www.swig.org/download.html

설치방법은 일반적인 프로그램이랑 같다.

./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/SWIG

make && make install

export PATH=/PATH/TO/INSTALL/SWIG/bin:$PATH

SWIG을 설치하고 다시 ConsensusCore2를 설치하면 된다.