GBrowse2 설치하기

Perl과 apache가 설치되어 있어야함.

windows버전은 GBrowse 1.70 버전까지 지원했다는 글이 있는데 현재는 확인 불가 ( 시도해 보았으나 성공하지 못함. )

Gbrowse2 다운로드 url : https://sourceforge.net/projects/gmod/files/Generic%20Genome%20Browser/

perl module을 다수 설치해야함.

perl Build.pl을 해서 초기 설정을 잡아주어야 함 이 때 module이라는 이름의 perl module이 설치되어 있지 않다면 cpan Module::Build 부터 해주어야 함.

그 이후에는 ./Build installdeps 를 하면 dependency를 알아서 설치해줌. but 수동 설치가 필요한 부분이 존재함

1. 

Please enter the location of Kent source tree: 

Can't find the bigWig.h and jkweb.a files at this location.

Try again, or hit <enter> to cancel: 

Kent source tree는 Kentutils를 설치해야 함.

[링크]

git clone https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils.git 

git에서 다운 받은 후 README.md를 읽으면 설치 방법이 있음.

cd kentuils && make

export KENT_SRC=/PATH/TO/INSTALL/kentUtils/src:$KENT_SRC

2.

Running install for module 'Bio::DB::Sam'

Checksum for /home/kyoungwoo/.cpan/sources/authors/id/L/LD/LDS/Bio-SamTools-1.43.tar.gz ok

Configuring L/LD/LDS/Bio-SamTools-1.43.tar.gz with Build.PL

This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net).

Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: 

samtools의 bin 파일이 아니라 소스 파일의 경로를 확인해서 넣어주면 됨.

필수 perl module 설치가 끝나면 ./Build test ./Build isntall을 해서 build를 하고 ./Build apache_config를 해서 화면으로 출력되는 config를 복사.

apache config 파일 내에 붙여넣기를 하면 끝남.

apache config파일은 /etc/httpd/conf/httpd.conf 이며 내용 수정 후 apache를 재시작 하면 됨. apachectl -k graceful

브라우저를 켜서 localhost/gbrowse2 로 접속.