Synteny Circos plot 그리기

Synteny Circos plot 그리기.

2017/08/23 - [bioinformatics] - SyMap 설치 및 실행하기

2017/08/15 - [bioinformatics] - Circos plot 그리기.

두 프로그램을 사용하여 synteny circos plot을 그려보고자 한다.

SyMap에서는 

symap결과는 align이 끝난 뒤 SyMAP Queries 로 들어가 받을 수 있는 CSV 파일을 쓴다.

받을 때 반드시 Select columns에 가서 각 assembly의 start와 end를 체크해서 block의 시작과 끝을 다운받는다.

이제 csv 파일을 circos의 link 포맷으로 바꿔야 하는데 link의 포맷은 아래와 같다.

...
hs1 100 200 hs2 250 300
hs1 400 550 hs3 500 750
hs1 600 800 hs4 150 350
...

assembly1 start1 end1 assembly2 start2 end2

의 양식으로 바꾸면 된다. 여기서 assembly1과 assembly2는 당연히 circos의 karyotype을 설정할 때 넣어줬던 이름과 같아야한다.

또한 link의 개수가 25000개를 넘어가면 너무 많다는 경고와 함께 너무 많은 링크는 해석하기 어려울 것이라고 하면서 실행되지 않는다. 

  but the maximum is currently set at [25000]. To increase this number change

  max_links in etc/housekeeping.conf. Keep in mind that drawing that many links

  may create an image that is too busy and uninterpretable.

etc/housekeeping.conf에서 변수 조절 할 수 있으나 별로 추천하지 않는다. 차라리 block의 사이즈에 제한을 두고 link의 개수를 줄이는 것이 좋다.

Circos에서는 configure파일을 조정해줘야 하는데

1. 두 assembly의 karyotype을 모두 불러오기.

2. 위의 파일을 불러오기.

3. color, orientation 조절하기.

등을 모두 설정하면 아래와 같은 그림을 그릴 수 있다.

실제로 위의 그림을 그릴 때 사용한 옵션은 각각

1.

karyotype = circos/circos-0.69-/data/karyotype/assembly1.txt,circos/circos-0.69-3/data/karyotype/assembly2.txt

2.

<links>

<link>

ribbon = no

file          = assembly1_to_assembly2.link

color         = black_a5

radius        = 0.95r

#bezier_radius = 0.1r

thickness     = 1

</link>

</links>

3. 

chromosomes_order = assemblya1,assemblya2,assemblya3,assemblya4,assemblya5,assemblya6,assemblya7,assemblya8,assemblya9,assemblya10,assemblya11,assemblya12,assemblya13,assemblya14,assemblya15,assemblya16,assemblya17,assemblya18,assemblya19,assemblya20,assemblya21,assemblya22,assemblya23,assemblya24,assemblya25,assemblya26,assemblya27,assemblya28,assemblya29,assemblya30,assemblya31,assemblyaX,assemblybX,assemblyb31,assemblyb30,assemblyb29,assemblyb28,assemblyb27,assemblyb26,assemblyb25,assemblyb24,assemblyb23,assemblyb22,assemblyb21,assemblyb20,assemblyb19,assemblyb18,assemblyb17,assemblyb16,assemblyb15,assemblyb14,assemblyb13,assemblyb12,assemblyb11,assemblyb10,assemblyb9,assemblyb8,assemblyb7,assemblyb6,assemblyb5,assemblyb4,assemblyb3,assemblyb2,assemblyb1

chromosomes_reverse = assemblybX,assemblyb31,assemblyb30,assemblyb29,assemblyb28,assemblyb27,assemblyb26,assemblyb25,assemblyb24,assemblyb23,assemblyb22,assemblyb21,assemblyb20,assemblyb19,assemblyb18,assemblyb17,assemblyb16,assemblyb15,assemblyb14,assemblyb13,assemblyb12,assemblyb11,assemblyb10,assemblyb9,assemblyb8,assemblyb7,assemblyb6,assemblyb5,assemblyb4,assemblyb3,assemblyb2,assemblyb1

그리고 input으로 넣는 link파일에서 크로모좀이 같으면 color=크로모좀을 넣고

다르면 color=black을 넣는다.

assemblya8 64927554        64987328        assemblyb8 67051330        67111104        color=chr8

assemblya26        372029  420198  assemblyb4 25320273        25373211        color=black

3번이 조금 헷갈릴 수 있을거 같은데 assembly a와 assembly b를 각각 assembly 이름으로 바꿔놓으면 된다.