GMAP 설치 및 실행하기

GMAP 설치 및 실행하기

GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences

논문 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti310

2005년 bioinformatics에 나온 논문으로 mRNA나 EST sequence를 genome에 alignment해주는 프로그램 이다.

꾸준히 업데이트 되는 중 

다운로드는 http://research-pub.gene.com/gmap/

최신 버전을 다운로드 받은 후

tar -zxf http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-*.tar.gz

./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GMAP

make && make install

gmap을 사용하기 위해서는 먼저 gmap_build를 해야함. 기타 alignment프로그램과 마찬가지로 indexing 작업이 선행되어야 한다.

gmap_build -d genomename genome.fasta

indexing이 끝나면 파일은 gmap/share/폴더로 들어간다. 다른 폴더로 옮기지 않으면 밑에 gmap 실행에서 -D를 바꿀 필요는 없다.

gmap -D PATH/TO/GENOME/DIRECTORY -d genomename -t threads -f output_file_format genome.fasta

-d 에는 위에서 genome build할 때 쓴 genomename을 쓰면 된다. 이후 parameter는 직접 옵션을 보고 넣으면 된다.

가능한 genomename을 보고 싶으면 -d 뒤에 ? 를 넣어서 실행하면 가능한 값을 보여준다.