Augustus는 HMMER를 사용한 eukaryotic genomic sequence로 유전자를 예측하는 프로그램이다? (업데이트 필요)
홈페이지 http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
최신버전 링크 http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.current.tar.gz
다운받은 파일을 압축을 풀면 폴더 명이 augustus로 고정되어 있기 때문에 버전관리를 위해 폴더명을 바꿔주는것을 권장한다.
압축을 푼 폴더로 가서 make 하고 PATH를 연결해 주어야 한다.
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/PATH/TO/INSTALL/AUGUSTUS/config/
export PATH=/PATH/TO/INSTALL/AUGUSTUS/bin/:$PATH
export PATH=/PATH/TO/INSTALL/AUGUSTUS/scripts/:$PATH
아래는 3.3 버전 기준으로 현재 지원중인 종 목록이다.
- Homo sapiens (human),
- Drosophila melanogaster (fruit fly),
- Arabidopsis thaliana (plant),
- Brugia malayi (nematode),
- Aedes aegypti (mosquito),
- Coprinus cinereus (fungus),
- Tribolium castaneum (beetle)
- Schistosoma mansoni (worm)
- Tetrahymena thermophila (ciliate)
- Galdieria sulphuraria (red algae)
- Zea mays (maize)
- Toxoplasma gondii (parasitic protozoa)
- Caenorhabditis elegans (worm)
- Aspergillus fumigatus
- Aspergillus nidulans
- Aspergillus oryzae
- Aspergillus terreus
- Botrytis cinerea
- Callorhinchus milii
- Candida albicans
- Candida guilliermondii
- Candida tropicalis
- Chaetomium globosum
- Coccidioides immitis
- Cryptococcus neoformans gattii
- Cryptococcus neoformans neoformans
- Danio rerio
- Debaryomyces hansenii
- Encephalitozoon cuniculi
- Eremothecium gossypii
- Fusarium graminearum
- Gallus gallus
- Histoplasma capsulatum
- Kluyveromyces lactis
- Laccaria bicolor
- Lodderomyces elongisporus
- Magnaporthe grisea
- Neurospora crassa
- Nicotiana attenuata (coyote tobacco)
- Petromyzon marinus (sea lamprey)
- Phanerochaete chrysosporium
- Pichia stipitis
- Rhizopus oryzae
- Saccharomyces cerevisiae
- Schizosaccharomyces pombe
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