KEGG Mapper 사용법

KEGG Mapper는 KEGG PATHWAY에 실제 유전자의 발현량을 색으로 입혀 시각적으로 한 눈에 알아볼 수 있게 하는데 도움을 주는 웹 기반 프로그램이다.

홈페이지 : 

https://www.genome.jp/kegg/mapper.html

위의 예시에선 유전자에 붉은 색은 높은 발현량을 의미한다.

실제 데이터를 만들어 넣는 법은 매우 간단하다.

위의 홈페이지에서 Color Pathway 항목으로 가면 데이터를 입력할 수 있는 항목들이 있다.

Select KEGG pathway map : 색을 입히고자 하는 kegg pathway의 category를 입력하면 된다.

Enter data : examples를 보면 어떤식으로 데이터를 입력해야하는지 보여주는데 아래에서 실제 데이터로 설명하도록 하겠다.

Option : 색을 직접 RGB로 입력하거나 상대적인 값을 측정해 색을 부여하는 방식을 고를 수 있다.

여기서 가장 까다로운게 입력 데이터의 유전자 ID를 KEGG ID로 맞춰야 한다는 것인데 이는 아래 포스팅을 참조하면 해결할 수 있다.

2018/11/15 - [bioinformatics] - Gene ID conversion

위의 포스팅에서 엑셀로 KEGG Gene ID를 찾은 후 아래처럼 입력한다.

저장은 반드시 텍스트 (탭으로 분리) (*.txt)로 저장해야 한다.

위와같은 결과를 얻을 수 있다. 

condtion을 3개 주었기 때문에 가장 위에 contion1,2,3 탭이 보인다. 클릭을 하면 색만 바뀌기 때문에 비교하기 쉽다.

Reference -

https://www.genome.jp/kegg/mapper.html