oncotator 설치 및 실행하기

oncotator 설치 및 실행하기

oncotator는 암 연구에서 point mutations이나 indels이 기능적으로 연관성이 있는지를 annotation 해주는 프로그램이다. COSMIC, Tumorscape, MutSig 결과를 조합하여 암 특이적 annotation을 해준다.

설치에 앞서 oncotator는 python 모듈인데 아래처럼 특정 버전의 모듈이 필요다. 

bx-python 0.8.2 requires six, which is not installed.

oncotator 1.9.9.0 requires biopython==1.66, which is not installed.

oncotator 1.9.9.0 requires pandas==0.18.0, which is not installed.

oncotator 1.9.9.0 requires pyvcf==0.6.8, which is not installed.

oncotator 1.9.9.0 has requirement bcbio-gff==0.6.2, but you'll have bcbio-gff 0.6.4 which is incompatible.

oncotator 1.9.9.0 has requirement numpy==1.11.0, but you'll have numpy 1.15.2 which is incompatible.

oncotator 1.9.9.0 has requirement pysam==0.9.0, but you'll have pysam 0.15.1 which is incompatible.

oncotator용 python-2.7.15를 새로 설치하였다. 

2017/08/16 - [programming language/python] - Python 설치 및 실행하기

oncotator 다운로드 페이지는 gatk에서 확인할 수 있다.

https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4154/howto-install-and-run-oncotator-for-the-first-time#latest

oncotator와 data source를 모두 받는 것을 권장한다.

python은 pip까지 설치. oncotator는 압축만 풀고 난 뒤 설치를 진행하였다.

/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py build

아래와 같은 메시지가 떴다. mac이 아닌 환경에서는 직접 설치를 해줘야 한단다.

ngslib must be installed manually on non-mac: pip install --no-binary :all: ngslib==1.1.18

위의 메시지와 똑같이 입력하였다.

/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/pip install --no-binary :all: ngslib==1.1.18

다시 빌드하였을 때 위와 같은 메시지가 없어진 것을 확인하였고 그대로 설치하였다.

/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py build

/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py install

install 과정에서 아래와 같은 에러 발생.

ImportError: No module named _build_utils.apple_accelerate

검색해보니 Numpy install 오류라고 한다. (https://github.com/andersbll/cudarray/issues/34)

oncotator를 install할 때 모듈을 설치하기는 하는데 미리 메뉴얼로 설치하는게 혹시 모를 오류가 안생기는듯 하다.

pip install bx-python==0.8.2

pip install pandas==0.18.0

pip install biopython==1.66 

pip install pyvcf==0.6.8

pip install bcbio-gff==0.6.2

pip install numpy==1.11.0

pip install pysam==0.9.0

근데 pysam 설치하다가 또 오류남.

    htslib/hfile_libcurl.c: In function ‘easy_errno’:

    htslib/hfile_libcurl.c:93:10: error: ‘CURLE_NOT_BUILT_IN’ undeclared (first use in this function)

    htslib/hfile_libcurl.c:93:10: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in

    error: command 'gcc' failed with exit status 1

아래처럼 해결함.

installed : /path-to/curl-7.50.3

export CFLAGS=-I/path-to/curl-7.50.3/include

Reference -

https://github.com/abishara/athena_meta/issues/1