Gene ID conversion

Gene ID conversion

하나의 유전자를 지칭하는 명칭은 ensembl, kegg, refseq 등 분석 방법에 따라 달라지고 분석 중에 gene id를 다른 방식으로 맞춰야 하는 일들이 생긴다.

R에서 biomaRt등의 라이브러리를 사용하여 스크립트 내에서 변환하는 방법도 있지만 web 기반의 tool를 사용해서 바꾸는 방법에 대해서 설명하고자 한다.

홈페이지 : 

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

ID List에 변환하고자 하는 유전자 목록을 넣었고 ID가 ensembl ID이기 때문에 input에는 Ensembl Gene ID, 결과는 Gene Symbol로 맞추었다.

Organism은 9606이 human이며 다른 종을 찾고싶다면 Taxon ID를 클릭해서 들어가면 검색이 가능하다. 이 항목은 option이기 때문에 꼭 넣어주어야 하는 것은 아니다.

입력을 많이 넣지 않았기 때문에 넣어준 ID가 하나 빼고는 다 치환된 것을 확인하였다. 

Result in Excel을 클릭하여 엑셀파일로 받으면 기존의 데이터에 덮어쓰거나 추가 열을 만드는 등 편집하기 쉽다.

Reference -

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2dbRes.php