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Phylip 설치 및 실행하기

홈페이지 - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

University of Washington에서 만든 간단한 phylogenetic tree를 그려주는 프로그램이다.

몇 안되는데 True or False 값으로만 유전자 존재 유무를 체크하고 그려주는 binary phylogenetic tree 프로그램이다. MSA로 진행하는 프로그램을 Cluster Omega를 포함해서 많으니 그 쪽을 참고하기 바란다. binary input을 사용하는 모듈은 clique이다.

주의해야 할 점은 발현하는 유전자 FPKM cutoff를 주고 그 이상 발현되는 유전자만을 따로 추려내도록 해야 한다. 

mis-aligned된 reads로 인한 FPKM을 고려하지 않으면 결과가 의도치 않은 방향으로 나올 것이다.

윈도우 버전으로 사용할 때는 따로 설치는 필요 없고 다운받은 파일의 압축만 풀면 된다.

Linux 버전으로 사용할 때는 tar.gz 파일을 받아서

하고 나면 phylip-3.696/exe 폴더 내에 실행파일이 생긴 것을 확인할 수 있다.

실행파일을 열면 바로 infile이 없다고 나오면서 inputfile의 이름을 넣으라고 나오는데 윈도우에서는 실행한 위치에 파일이 있어야 읽을 수 있다. linux에서는 실행한 곳에 파일이 있으면 된다.

inputfile의 format은 윈도우버전의 exe/testdata 폴더 안에서 확인할 수 있는데 프로그램이 오래 전에 만들어져서 tab으로 간격을 두지 않고 띄어쓰기의 숫자로 간격이 정해진다. 

반드시 testdata를 보고 띄어쓰기의 개수를 맞춰서 진행하면 에러 없이 진행되는 것을 확인할 수 있다.