MARS 설치 및 실행하기

Multiple sequence alignment를 할 때 Input은 항상 linear하게 줄 수 밖에 없는데 mitochondrial DNA, viroid, viral or other genome 같은 circular DNA의 경우 시작과 끝을 정의할 수 없기 때문에 기준 없이 넣었다가는 이상한 결과가 나온다.

MARS는 sequence shifting을 통해 이러한 문제를 해결하고자 만든 프로그램이다.

프로그램은 github에서 받을 수 있다.

순서대로 진행하면 mars 실행파일이 생성된다.

실행명령은 아래처럼 하면 된다.

output.fasta파일은 start와 end가 맞추어 졌으니 다시 clustal omega와 같은 MSA 프로그램에 결과를 기다리면 된다.

밑에 예시에서는 5종의 mitochondria sequence를 넣고 바로 MSA를 했을 때 밑의 두 종의 sequence만 먼저 나오는 것을 확인할 수 있었지만 mars를 진행한 뒤 다시 MSA를 했을 땐 정상적으로 align되는 것을 확인할 수 있었다.

Reference -

https://github.com/lorrainea/mars

Lorraine A. K. Ayad and Solon P. Pissis, MARS: improving multiple circular sequence alignment using refined sequences, BMC Genomics, 2017 https://doi.org/10.1186/s12864-016-3477-5

MHAP 설치 및 실행하기

MHAP은 2015년 Nature Biotechnology에 출판된 논문(http://www.nature.com/nbt/journal/v33/n6/full/nbt.3238.html

)에서 소개하고 있는 프로그램이다.

Konstantin Berlin et al, Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing, Nature Biotechnology, 2015

간단하게 명령어를 설명하면 

300g의 메모리를 사용하고 32개의 쓰레드를 사용하며 long reads를 contigs에 mapping하겠다는 의미이다.

설명에 따로 index파일을 만드는 법이 나와있지 않고 매번 명령어를 실행할 때마다 임시로 index를 진행하기 때문에 indexing을 미리 해두면 여러 번 작업할때 시간을 단축할 수 있다. (그래도 mammalian genome을 indexing하는데 10분정도 밖에 안걸린다.)

결과로 fastafile.dat 파일이 생성되는데 alignment 할 때 fasta 파일 대신 dat 파일을 넣어주면 된다.