BEAST 설치 및 실행하기

BEAST 설치 및 실행하기

BEAST는 서열을 MCMC를 사용한 Bayesian analysis를 통해 phylogenetic tree를 그려주는 프로그램이다.

홈페이지 - http://beast.community/

JAVA 1.6 이상 버전에서 작동한다.

다운로드는 github를 통해서 할 수 있다. (https://github.com/beast-dev/beast-mcmc/releases/latest)

1.8.4 버전 기준으로 설치는 아래와 같다.

https://github.com/beast-dev/beast-mcmc/releases/download/v1.8.4/BEASTv1.8.4.tgz

tar -zxf BEASTv1.8.4.tgz

특별히 install 할 필요는 없고 압축을 풀면 bin 폴더가 나온다. 

GUI 기반으로 작동하니 Xming 등의 X server 프로그램과 동시에 실행해야 한다.

BEAGLE library plugin도 설치해야 한다.

2017/09/27 - [bioinformatics] - BEAGLE-LIB 설치하기

Beast 옵션 중에 beagle library가 불가능 할시 그냥 쓰지 않을 수도 있기는 하다. 정확히 무슨 차이가 있는지는 조사 필요함.

모두 설치하고나면 BEAUti, BEAST, TreeAnnotator, LogCombiner, TreeStat 다섯 개의 프로그램이 설치된다.

홈페이지에 있는 tutorial을 그대로 따라하면 tree를 그릴 수 있다.

간략하게 순서를 말하자면

먼저 NEXUS 포맷의 MSA (mulitiple seuquence alignment) 결과가 필요하다. 

web program인 clustal omega (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)에 sequence를 넣고 output format만 NEXUS로 바꾸고 돌리면 MSA 결과는 쉽게 얻을 수 있다.

BEAUti 프로그램으로 MSA 결과와 BEAST를 어떤 parameter로 돌릴 지를 결정하고 저장하면 xml파일이 생기는데

이후에 BEAST 프로그램에 xml파일을 넣고 실행하면 trees파일이 생성되고 이 파일을

figtree(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 등의 프로그램으로 확인하는 것이다.