MARS 설치 및 실행하기

MARS 설치 및 실행하기

Multiple sequence alignment를 할 때 Input은 항상 linear하게 줄 수 밖에 없는데 mitochondrial DNA, viroid, viral or other genome 같은 circular DNA의 경우 시작과 끝을 정의할 수 없기 때문에 기준 없이 넣었다가는 이상한 결과가 나온다.

MARS는 sequence shifting을 통해 이러한 문제를 해결하고자 만든 프로그램이다.

프로그램은 github에서 받을 수 있다.

git clone https://github.com/lorrainea/mars

cd mars

./pre-install.sh

make -f Makefile

순서대로 진행하면 mars 실행파일이 생성된다.

실행명령은 아래처럼 하면 된다.

mars -a DNA/PROT -i input.fasta -o output.fasta -m 1 -T threads

output.fasta파일은 start와 end가 맞추어 졌으니 다시 clustal omega와 같은 MSA 프로그램에 결과를 기다리면 된다.

밑에 예시에서는 5종의 mitochondria sequence를 넣고 바로 MSA를 했을 때 밑의 두 종의 sequence만 먼저 나오는 것을 확인할 수 있었지만 mars를 진행한 뒤 다시 MSA를 했을 땐 정상적으로 align되는 것을 확인할 수 있었다.

Reference -

https://github.com/lorrainea/mars

Lorraine A. K. Ayad and Solon P. Pissis, MARS: improving multiple circular sequence alignment using refined sequences, BMC Genomics, 2017 https://doi.org/10.1186/s12864-016-3477-5