Single cell sequencing

single cell sequencing

individual cell을 따로 분리하여 sequencing 하는 NGS 기술이다.

기존의 sequencing은 각각의 cell을 따로 분리할 기술이 없었기 때문에 bulk sequencing이었고 여러 종류의 세포가 섞여있었기 때문에 각각의 세포의 transcriptome을 분리하여 계산할 수 없었다.

이러한 single cell sequencing이 필요한 분야는 microbial meatagenomics, cancer genomics 등이 있다.

NGS의 장점 중에 하나는 배양할 수 없는 균을 sequencing 할 수 있다는 것인데 (일반적으로 균에 특성을 파악하려면 실험실에서 키워야 한다.) 여기에 각각의 균을 single cell 수준으로 분리할 수 있다면 각각의 균의 genome까지 profiling까지 할 수 있게 되는 것이다.

cancer genomics에서는 tumor heterogenity를 고려한 genomic profiling이 가능해진다는 장점이 있다.

하지만 아직까지는 single cell sequencing에서 해결해야 할 단점이 존재한다.

1. cost가 비싸다. single cell isolation이라는 추가 스텝이 필요하고 여기에서 나오는 데이터는 depth가 적기 때문에 실험을 여러 번 반복해서 데이터를 뽑아야 한다.

2. single cell에서 나오는 DNA는 pico gram 수준인데 sequencing하기위해서는 증폭이 더 많이 필요하다. 여기에 따른 uneven한 bias가 생길 수 있다.

Reference - 

https://en.wikipedia.org/wiki/Single_cell_sequencing