리눅스에서 프록시 설정하기

Centos 6에서 R 설치를 위한 라이브러리 설치

zlib

bzip

liblzma

pcre

curl

모든 dependency가 설치되었으면 R의 configure를 해보도록 하자.

중간에 warning이 뜨긴 했지만 일단 무시하고 진행했으며 R일 실행되는 것 까지 확인하였다.

Reference -

https://unix.stackexchange.com/questions/343452/how-to-install-r-3-3-1-in-my-own-directory

Arguments in R

argument를 더 복잡하게 쓰려면 optparse라는 라이브러리를 써도 되지만 간단하게 정리하고 싶다면 위와 같이 작성할 수 있다.

추가로 argument를 입력하지 않았을 때 간단한 설명을 넣고 싶다면 아래와 같이 하면 된다.

argument가 하나도 들어오지 않았다면 ERROR 메세지 뒤에 정해놓은 문자열을 출력하고 자동 종료된다.

neocomplcache vim plugin 설치하기

neocomplcache는 autocomplpop과 비슷한 자동완성 플러그인이다. vim에서 작업할 때 변수명이 길어지거나 외부 폴더 경로를 잡는데 유용하게 사용할 수 있다.

이미 선언한 변수도 가능하며

폴더에도 아래처럼 적용 가능하다.

아래의 목록이 떳을 때 방향키로 선택 후 엔터를 누르면 바로 적용된다.

설치 방법은 vim 플러그인 매니저를 사용하지 않고 메뉴얼하게 설치하는 방법만 설명하기로 한다.

git 저장소의 위치는 아래와 같다

다운로드 후 폴더를 열면 autoload, doc, plugin README.md 등의 파일이 존재한다.

이 폴더들은 그대로 ~/.vim/ 아래에 붙여넣으면 설치는 끝난다.

설치 후에 플러그인을 실행하기 위해서는 두 가지 방법이 있는데 

첫째는 vim 실행 후 명령 모드에서 아래 명령을 실행하는 것이며

두번째는 ~/.vimrc에 아래와 같은 명령을 작성하는 것이다.

vimrc파일이 없다면 생성하면 된다.

첫번째 방법은 vim을 실행할 때 마다 입력해줘야 적용이 되고 vimrc에 작성하는 방법은 vim을 실행할 때 마다 vimrc파일을 읽으면서 플러그인을 적용시키는 방법이다.

samba 설정하기

samba를 설치하는 방법은 다른 홈페이지를 참고. centos에서는 아래 명령어로 설치 가능하다

yum install samba

samba에 접속할 디렉토리를 설정하기 위해서 /etc/samba/smb.conf 파일을 수정해야 한다.

global 설정을 아래처럼 하고 특정 IP만 허용하고 싶으면 hosts allow 부분에 아이피를 넣어주면 된다.

home에 연결하기 위해서는 \\server\[username] 을 입력해주면 되고 특정 폴더에 연결하고 싶다면 \\server\TEST로 연결해 주면 된다.

awk 응용하기!

awk '{if ($1 ~ ">gga" || $1 ~ ">tgu") {print $1 ; getline ; print}}' mature.fa > mature.others.fa

줄의 시작이 ">gga" 또는 ">tgu"로 시작하는 줄에서 $1를 프린트 하고 라인을 읽고 전체 줄을 프린트한다.

mature.fa 파일은 mirbase에서 다운로드 받은 것으로 전체 종의 대한 mature miRNA sequence가 전부 포함되어 있다.

mirdeep2에서 유사종의 mature miRNA sequence만 가져오고 싶으며 또한 sequence id에 추가 설명 없이 1번 column만 포함되어야 하므로 위와 같은 코드를 구성하였다.

fasta 파일에서 contig 별로 sequence 가져오기.

contig의 형식은 아래와 같았다.

>로 시작하는 id는 substr를 사용해 숫자 부분만 가져오고 >로 시작하지 않으면 이전에 정한 id 변수 이름에 write.

awk '{if ($1 ~ ">") id = substr($1,8)} {print >> "jelly.out.break.fasta."id".txt"}' ../break/jelly.out.break.fasta

필요에따라 id를 변수로 지정하는 부분만 바꿔주면 될듯 하다.

fasta 파일에서 "|" 와 "_"로 이어져있는 id를 쪼개기.

MPC 설치하기

GMP, MPFR과 마찬가지로 GNU에서 제공하는 C library이다.

반드시 GMP, MPFR 설치 후 진행해야 한다.

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

홈페이지는 - http://www.multiprecision.org/ 이다.

다운로드는 다운로드 탭으로 들어가면 된다. http://www.multiprecision.org/index.php?prog=mpc&page=download

1.0.3 버전으로 진행하였다.

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
tar zxf mpc-1.0.3.tar.gz
cd mpc-1.0.3
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPC --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

MPFR 설치하기

GMP와 비슷하게 GNU에서 제공하는 C library이다. GCC 설치에 필요하다.

반드시 GMP를 설치한 후에 진행해야 한다!!!

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

홈페이지 - http://www.mpfr.org/

최신버전은 http://www.mpfr.org/mpfr-current/ 에서 다운로드 받을 수 있으며

현재 최신버전인 3.1.6 버전으로 진행하겠다.

wget http://www.mpfr.org/mpfr-3.1.6/mpfr-3.1.6.tar.bz2
tar -xvf mpfr-3.1.6.tar.bz2
cd mpfr-3.1.6
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

gmp가 설치되어 있는 폴더를 넣어주어야 제대로 configure가 진행된다.

GMP 설치하기

GNU에서 제공하는 library로서 GCC 설치를 위해 필요하며 설치 방법을 소개하고자 한다.

최신 버전은 받기 위해서 홈페이지 - https://gmplib.org/ 에 접속한다. 

다운로드에 보면 여러 압축 방식으로 제공하고 있다.

tar.bz2 압축 파일을 받아서 진행하고자 한다.

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.1.2.tar.bz2
tar -xvf gmp-6.1.2.tar.bz2
cd gmp-6.1.2
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make check && make install

정상적으로 설치되었다면 /PATH/TO/INSTALL/GMP/lib 폴더 안에 libgmp 파일을 확인할 수 있다.

GCC 설치하기

GCC 홈페이지 - https://gcc.gnu.org/

GCC는 GNU C Compiler의 약자로서 일반적인 프로그램 설치를 위해 많이 쓰인다.

9/19/2017 기준으로 최신 버전은 7.2이다. 최근 1~2년 사이에 major update가 많이 진행되었는지 숫자가 높아졌다.

설치 방법은 어렵지 않지만 depedency가 있다.

gcc를 설치하기 위해서는 gmp 4.2+, mpfr 2.3.1+, mpc 0.8.0+ 가 필요하다. 

root권한이 있다면 libgmp-dev, libmpc-dev, libmpfr-dev를 시스템에 설치하면 되지만 local로 설치할 때는 각각 설치한 후 PATH를 잡아주는 번거로운 작업을 거쳐야 한다. 

Ubuntu

sudo apt-get install libgmp-dev libmpfr-devl libmpc-dev

Red Hat and Fedora

sudo yum install gmp gmp-devel mpfr mpfr-devel libmpc libmpc-devel

Manual install

gmp, mpfr, mpc은 아래의 포스팅에서 설치방법을 확인할 수 있다. gmp, mpfr, mpc 순서대로 설치해야 한다.

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPC 설치하기

이제 gcc를 설치하기 위해 가까운 미러 사이트인 일본 (http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/)에 들어가서 원하는 버전을 다운 받자. 

현재 최신버전인 7.2 버전으로 진행하였다.

wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-7.2.0/gcc-7.2.0.tar.gz

tar -zxf gcc-7.2.0.tar.gz

cd gcc-7.2.0

./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GCC--with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-mpc=/PATH/TO/INSTALL/MPC 

make && make install

위의 명령어에서 gmp, mpfr, mpc를 Manual하게 설치하지 않았다면 configure할 때 PATH는 따로 잡아주지 않아도 된다.

make 할 때 에러가 떠서 아래처럼 fix했다.

1.

error: 'GATHER_STATISTICS' was not declared in this scope

라는 에러가 뜨면서 설치가 중단됐는데 아래와 같이 변수를 unset해주니 해결됐다.

unset LIBRARY_PATH CPATH C_INCLUDE_PATH PKG_CONFIG_PATH CPLUS_INCLUDE_PATH INCLUDE

출처 : https://stackoverflow.com/questions/29981492/gcc-4-9-2-installation-failed-on-linux

2.

libmpc.so.3가 잡히지 않아서 LD_LIBRARY_PATH로 library 경로를 따로 잡아주었다.

export LD_LIBRARY_PATH=/PATH/TO/INSTALL/GMP/lib:/PATH/TO/INSTALL/MPFR/lib:/PATH/TO/INSTALL/MPC/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

3.

configure: error: I suspect your system does not have 32-bit development libraries (libc and headers). If you have them, rerun configure with --enable-multilib. If you do not have them, and want to build a 64-bit-only compiler, rerun configure with --disable-multilib. 

64bit only compiler로 하고싶지 않아서 --enable-multilib 옵션을 추가하였다.