Argument받아서 처리하기

bash 스크립트로 argument를 여러 개 받아 해당 수 만큼 for loop을 돌릴 때 쓰는 방법이다.

전체 argument를 반복하고 싶다면 아래처럼 하면 된다.

특정 구간만을 반복시키고 싶다면 indexing을 넣어주어야 한다. 아래 예시는 2번부터 끝까지 반복이다.

2번부터 3번 반복하고 싶다면 (즉 2부터 4까지) 아래처럼 더 추가한다.

argument가 몇 개 인지 알고싶다면 "$#" 를 사용하면 된다.

argument가 0개 일때의 조건문.

Reference -

https://stackoverflow.com/questions/255898/how-to-iterate-over-arguments-in-a-bash-script

https://stackoverflow.com/questions/4423306/how-do-i-find-the-number-of-arguments-passed-to-a-bash-script

특정 파일이나 디렉토리를 남기고 모두 지우기

file.txt라는 이름의 파일을 남기고 나머지를 모두 지우기.

find . ! -name 'file.txt' -type f -exec rm -f {} +

디렉토리라면 type을 d로 바꾸고 rm 에 recursive 옵션을 추가하면 된다.

find . ! -name 'file.txt' -type d -exec rm -rf {} +

* 주의사항 

위의 디렉토리만 남기고 모두 지우기는 디렉토리 안의 파일도 모두 지움

디렉토리 수준에서만 적용하고 싶다면 아래처럼 사용한다

find . -maxdepth 1 ! -name 'file.txt' -type d -exec rm -rf {} +

여러 개의 파일을 남겨놓고 싶다면 아래처럼 추가 할 수 있다.

find . ! -name 'file.txt' ! -name 'file2.txt' -type f -exec rm -f {} +

Reference -

https://unix.stackexchange.com/questions/153862/remove-all-files-directories-except-for-one-file

DESeq2 에서 multiple condition 수행하기

쭉 진행하면 나오는 결과는 test와 brain간의 비교이다. DESeq2는 default로 가장 처음과 마지막에 있는 컨디션을 비교하기 때문이다.

이를 아래처럼 수정하면 test와 UHR간의 비교 결과를 보여준다.

2, 3번째 값을 수정하면 그에 맞게 바뀌는데 당연히 이미 설정해놓은 컨디션 값을 지정해주어야하며

순서를 바꾸면 log2FoldChange값이 +에서 -로 바뀌게 된다.

log2FC값 외에 변경되는 값은 없다.

리눅스에서 프록시 설정하기

Centos 6에서 R 설치를 위한 라이브러리 설치

zlib

bzip

liblzma

pcre

curl

모든 dependency가 설치되었으면 R의 configure를 해보도록 하자.

중간에 warning이 뜨긴 했지만 일단 무시하고 진행했으며 R일 실행되는 것 까지 확인하였다.

Reference -

https://unix.stackexchange.com/questions/343452/how-to-install-r-3-3-1-in-my-own-directory

Arguments in R

argument를 더 복잡하게 쓰려면 optparse라는 라이브러리를 써도 되지만 간단하게 정리하고 싶다면 위와 같이 작성할 수 있다.

추가로 argument를 입력하지 않았을 때 간단한 설명을 넣고 싶다면 아래와 같이 하면 된다.

argument가 하나도 들어오지 않았다면 ERROR 메세지 뒤에 정해놓은 문자열을 출력하고 자동 종료된다.

neocomplcache vim plugin 설치하기

neocomplcache는 autocomplpop과 비슷한 자동완성 플러그인이다. vim에서 작업할 때 변수명이 길어지거나 외부 폴더 경로를 잡는데 유용하게 사용할 수 있다.

이미 선언한 변수도 가능하며

폴더에도 아래처럼 적용 가능하다.

아래의 목록이 떳을 때 방향키로 선택 후 엔터를 누르면 바로 적용된다.

설치 방법은 vim 플러그인 매니저를 사용하지 않고 메뉴얼하게 설치하는 방법만 설명하기로 한다.

git 저장소의 위치는 아래와 같다

다운로드 후 폴더를 열면 autoload, doc, plugin README.md 등의 파일이 존재한다.

이 폴더들은 그대로 ~/.vim/ 아래에 붙여넣으면 설치는 끝난다.

설치 후에 플러그인을 실행하기 위해서는 두 가지 방법이 있는데 

첫째는 vim 실행 후 명령 모드에서 아래 명령을 실행하는 것이며

두번째는 ~/.vimrc에 아래와 같은 명령을 작성하는 것이다.

vimrc파일이 없다면 생성하면 된다.

첫번째 방법은 vim을 실행할 때 마다 입력해줘야 적용이 되고 vimrc에 작성하는 방법은 vim을 실행할 때 마다 vimrc파일을 읽으면서 플러그인을 적용시키는 방법이다.

samba 설정하기

samba를 설치하는 방법은 다른 홈페이지를 참고. centos에서는 아래 명령어로 설치 가능하다

yum install samba

samba에 접속할 디렉토리를 설정하기 위해서 /etc/samba/smb.conf 파일을 수정해야 한다.

global 설정을 아래처럼 하고 특정 IP만 허용하고 싶으면 hosts allow 부분에 아이피를 넣어주면 된다.

home에 연결하기 위해서는 \\server\[username] 을 입력해주면 되고 특정 폴더에 연결하고 싶다면 \\server\TEST로 연결해 주면 된다.

awk 응용하기!

awk '{if ($1 ~ ">gga" || $1 ~ ">tgu") {print $1 ; getline ; print}}' mature.fa > mature.others.fa

줄의 시작이 ">gga" 또는 ">tgu"로 시작하는 줄에서 $1를 프린트 하고 라인을 읽고 전체 줄을 프린트한다.

mature.fa 파일은 mirbase에서 다운로드 받은 것으로 전체 종의 대한 mature miRNA sequence가 전부 포함되어 있다.

mirdeep2에서 유사종의 mature miRNA sequence만 가져오고 싶으며 또한 sequence id에 추가 설명 없이 1번 column만 포함되어야 하므로 위와 같은 코드를 구성하였다.

fasta 파일에서 contig 별로 sequence 가져오기.

contig의 형식은 아래와 같았다.

>로 시작하는 id는 substr를 사용해 숫자 부분만 가져오고 >로 시작하지 않으면 이전에 정한 id 변수 이름에 write.

awk '{if ($1 ~ ">") id = substr($1,8)} {print >> "jelly.out.break.fasta."id".txt"}' ../break/jelly.out.break.fasta

필요에따라 id를 변수로 지정하는 부분만 바꿔주면 될듯 하다.

fasta 파일에서 "|" 와 "_"로 이어져있는 id를 쪼개기.

MPC 설치하기

GMP, MPFR과 마찬가지로 GNU에서 제공하는 C library이다.

반드시 GMP, MPFR 설치 후 진행해야 한다.

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

홈페이지는 - http://www.multiprecision.org/ 이다.

다운로드는 다운로드 탭으로 들어가면 된다. http://www.multiprecision.org/index.php?prog=mpc&page=download

1.0.3 버전으로 진행하였다.

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
tar zxf mpc-1.0.3.tar.gz
cd mpc-1.0.3
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPC --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install