Kegg pathway에 속하는 유전자 정보 가져오기

Kegg pathway에 속하는 유전자 정보 가져오기

kegg pathway에는 하나에 pathway에 수십에서 수 백가지 유전자가 포함되어 있다. 

R에서 특정 pathway에 포함되어 있는 유전자 리스트를 불러와서 발현 값을 본다던지 하는 분석을 할 수 있는데

여기서 유전자 리스트를 불러오는 법을 설명하고자 한다.

(04010 pathway는 295개의 유전자를 포함하고 있다.)

아래 코드는 kegg pathway에 해당하는 ensembl gene id list를 가져오는 코드이다.

library(KEGGREST)

pathid = paste("path:hsa",i,sep="")

kegggenes = keggLink("hsa",pathid)

genelist = list()

for (j in 1:length(kegggenes)) {

ensemblgenes = keggGet(c(kegggenes[[j]]))[[1]]$DBLINKS

for (k in ensemblgenes) {

if (startsWith(k,"Ensembl:") == T) {

geneid = strsplit(k," ")[[1]][2]

genelist = append(genelist, geneid)

}

}

}

keggLink("hsa","path:hsa04010")를 입력하면 04010 pathway에 대한 모든 정보를 가져오게 되고 여기에 gene id는 DBLINKS에 있는데 이걸 다시 가져와야한다.

DBLINKS에는 ensembl 뿐만 아니라 여러 종류의 gene id를 모두 가지고 있기 때문에 startswith를 사용하여 Ensembl로 시작하는 gene id만을 genelist 라는 변수에 저장하였다.