Be great

MHAP 설치 및 실행하기

MHAP은 2015년 Nature Biotechnology에 출판된 논문(http://www.nature.com/nbt/journal/v33/n6/full/nbt.3238.html

)에서 소개하고 있는 프로그램이다.

Konstantin Berlin et al, Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing, Nature Biotechnology, 2015

간단하게 명령어를 설명하면 

300g의 메모리를 사용하고 32개의 쓰레드를 사용하며 long reads를 contigs에 mapping하겠다는 의미이다.

설명에 따로 index파일을 만드는 법이 나와있지 않고 매번 명령어를 실행할 때마다 임시로 index를 진행하기 때문에 indexing을 미리 해두면 여러 번 작업할때 시간을 단축할 수 있다. (그래도 mammalian genome을 indexing하는데 10분정도 밖에 안걸린다.)

결과로 fastafile.dat 파일이 생성되는데 alignment 할 때 fasta 파일 대신 dat 파일을 넣어주면 된다.

Racon 설치 및 실행하기

2017년 Genome Research에 나온 논문(http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116)에서 소개하고 있는 프로그램으로 long read polish에 관련되어 있는 프로그램이다.

Robert Vaser et al, Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads, Genom Research, 2017

2017/09/20 - [paper review] - Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads

설치는 매우 간단하다.

한 줄만 입력하면 bin 폴더와 bin/racon 파일이 생성된다.

README.md 파일을 보면 어떻게 실행해야하는지 설명이 간략하게 쓰여있다.

quliay value가 포함된 reads (반드시 fastq파일이 있어야 함), mapping된 파일 (paf/mhap/sam) 그리고 contig파일(fasta/fastq/gfa) 이 필요하며 마지막으로 outputfile이름을 적어주면 된다.

mapping 파일에 따라 --mhap 또는 --sam 옵션을 넣어주어야 한다. 마지막으로 --erc 옵션을 넣어주면 error correction을 할 수도 있다고 쓰여있다. 

mhap format으로 진행을 하려다가 mhap은 fasta파일만을 받는데 racon에서는 fastq파일을 요구해서 충돌이 일어나기때문에 여러 차례 시도 후에 그냥 bwa로 맵핑해서 진행했다.

input값만 제대로 넣어줬다면 consensus파일이 정상적으로 생성되는 것을 확인할 수 있다.

tutorial에서는 각 방식대로 진행할 수 있게 되어있는데 mhap이 제대로 작동하는지 example1_2-mhap-lambda.sh 으로 테스트 해보려 했으나 에러가 난다.

심지어 mhap은 minimap으로 align한 결과는 paf to mhap로 변환을 하고 있기 때문에 제대로된 mhap format을 확인할 수 없었다.

또한 dnadiff라는 명령을 인식하지 못하는데 이 프로그램은 MUMmer를 설치하면 해결할 수 있다.

2017/09/21 - [bioinformatics] - MUMmer 설치 및 실행하기

MPC 설치하기

GMP, MPFR과 마찬가지로 GNU에서 제공하는 C library이다.

반드시 GMP, MPFR 설치 후 진행해야 한다.

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

홈페이지는 - http://www.multiprecision.org/ 이다.

다운로드는 다운로드 탭으로 들어가면 된다. http://www.multiprecision.org/index.php?prog=mpc&page=download

1.0.3 버전으로 진행하였다.

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
tar zxf mpc-1.0.3.tar.gz
cd mpc-1.0.3
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPC --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

MPFR 설치하기

GMP와 비슷하게 GNU에서 제공하는 C library이다. GCC 설치에 필요하다.

반드시 GMP를 설치한 후에 진행해야 한다!!!

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

홈페이지 - http://www.mpfr.org/

최신버전은 http://www.mpfr.org/mpfr-current/ 에서 다운로드 받을 수 있으며

현재 최신버전인 3.1.6 버전으로 진행하겠다.

wget http://www.mpfr.org/mpfr-3.1.6/mpfr-3.1.6.tar.bz2
tar -xvf mpfr-3.1.6.tar.bz2
cd mpfr-3.1.6
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

gmp가 설치되어 있는 폴더를 넣어주어야 제대로 configure가 진행된다.

GMP 설치하기

GNU에서 제공하는 library로서 GCC 설치를 위해 필요하며 설치 방법을 소개하고자 한다.

최신 버전은 받기 위해서 홈페이지 - https://gmplib.org/ 에 접속한다. 

다운로드에 보면 여러 압축 방식으로 제공하고 있다.

tar.bz2 압축 파일을 받아서 진행하고자 한다.

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.1.2.tar.bz2
tar -xvf gmp-6.1.2.tar.bz2
cd gmp-6.1.2
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make check && make install

정상적으로 설치되었다면 /PATH/TO/INSTALL/GMP/lib 폴더 안에 libgmp 파일을 확인할 수 있다.