Clinical Cancer 데이터베이스

Clinical Cancer 데이터베이스

CIViC 데이터베이스

CIViC는 Clinical Interpretation of Variants in Cancer의 약자로 암을 유발할 수 있는 유전체 내의 변이를 모은 데이터 베이스이다. 

CIViC의 목적은 암 환자의 가진 변이중에 pathogenic한 변이를 찾아내고 여기에 맞는 치료방법을 사용하는 정밀의학에 적용하기 위한 데이터베이스 구축이며 유사한 목적을 가진 데이터베이스보다 더 적극적인 방식으로 정보를 제공하며 토론을 장려한다고 밝히고 있다.

그래서 아래처럼 데이터 베이스의 통계를 주마다 갱신하여 보여주거나, Activity를 업데이트하여 실시간으로 정보가 더 쌓여가는 것을 홈페이지 시작 화면에서 보여주고 있다.

아래는 TP53에서 찾은 변이의 결과로 CIViC에서는 해당 변이에 대해 진행된 연구를 표시하고 있는데 해당 변이를 치료할 때 사용할 수 있는 DRUG를 표시해 주고 있으며 evidence level을 A,B,C,D 총 네 단계로 나누어 어떤 evidence가 서포트 해주고 있는지도 표시하고 있다.

OncoKB 데이터베이스

OncoKB는 특정 암 유전자 변이가 가져오는 효과와 이에 대한 치료 방법을 모아놓은 데이터베이스다. CIViC과 유사하게 evidence level을 나누고 있지만 좀 더 구체적으로 나누고 있다.

둘의 차이점은 데이터베이스 구성에 있어서 겹치지 않는 변이들이 있는데 아마도 데이터베이스에 변이가 등록되는게 일일히 확인하는 작업이 필요하기 때문에 차이가 있는 것으로 보인다.

개인적인 평가로는 시각화는 CIViC이 더 잘 되어 있어 특정 변이를 웹 검색을 통해 확인하고 싶으면 유용하나 같은 유전자라 하더라도 variants의 종류가 더 많고 Data download나 API등의 지원에 있어서는 OncoKB가 나은 것 같다.

source -

https://civicdb.org/home

https://www.nature.com/articles/ng.3774

http://oncokb.org/#/