Cancer cell line 정보 받기

Cancer cell line 정보 받기

https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines

Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer (COSMIC) 홈페이지에서 cancer cell line에 대한 정보를 받는 법을 알아보려고 한다. 특히나 특정 cancer cell line으로 실험을 하였을 때 결과가 제대로 나왔는지 확인하기 위해 해당 cell line에 존재하는 variant를 검사해 볼 수 있다.

가장 먼저 홈페이지에서 genome version을 설정해주어야 한다. 이 후의 자료들은 다 위의 genome version을 기반으로 제공된다.

옆에 검색창에 "HeLa"를 검색해보자.

비슷한 이름의 다른 정보가 하나도 없기 때문에 Samples에 하나 나온다. 나머지 정보는 뻔한 것들이니 넘어가고 뒷부분에 존재하는 variants를 보면 HeLa가 가지고 있는 variants가 보인다.

Filters를 사용하면 더 specific한 변이들만 따로 고를 수 있다.

Reference - 

https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines