oncotator 설치 및 실행하기
oncotator는 암 연구에서 point mutations이나 indels이 기능적으로 연관성이 있는지를 annotation 해주는 프로그램이다. COSMIC, Tumorscape, MutSig 결과를 조합하여 암 특이적 annotation을 해준다.
설치에 앞서 oncotator는 python 모듈인데 아래처럼 특정 버전의 모듈이 필요다.
bx-python 0.8.2 requires six, which is not installed.
oncotator 1.9.9.0 requires biopython==1.66, which is not installed.
oncotator 1.9.9.0 requires pandas==0.18.0, which is not installed.
oncotator 1.9.9.0 requires pyvcf==0.6.8, which is not installed.
oncotator 1.9.9.0 has requirement bcbio-gff==0.6.2, but you'll have bcbio-gff 0.6.4 which is incompatible.
oncotator 1.9.9.0 has requirement numpy==1.11.0, but you'll have numpy 1.15.2 which is incompatible.
oncotator 1.9.9.0 has requirement pysam==0.9.0, but you'll have pysam 0.15.1 which is incompatible.
oncotator용 python-2.7.15를 새로 설치하였다.
2017/08/16 - [programming language/python] - Python 설치 및 실행하기
oncotator 다운로드 페이지는 gatk에서 확인할 수 있다.
https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4154/howto-install-and-run-oncotator-for-the-first-time#latest
oncotator와 data source를 모두 받는 것을 권장한다.
python은 pip까지 설치. oncotator는 압축만 풀고 난 뒤 설치를 진행하였다.
/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py build
아래와 같은 메시지가 떴다. mac이 아닌 환경에서는 직접 설치를 해줘야 한단다.
ngslib must be installed manually on non-mac: pip install --no-binary :all: ngslib==1.1.18
위의 메시지와 똑같이 입력하였다.
/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/pip install --no-binary :all: ngslib==1.1.18
다시 빌드하였을 때 위와 같은 메시지가 없어진 것을 확인하였고 그대로 설치하였다.
/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py build
/data/Tools/system/Python-2.7.15-oncotator/bin/python setup.py install
install 과정에서 아래와 같은 에러 발생.
ImportError: No module named _build_utils.apple_accelerate
검색해보니 Numpy install 오류라고 한다. (https://github.com/andersbll/cudarray/issues/34)
oncotator를 install할 때 모듈을 설치하기는 하는데 미리 메뉴얼로 설치하는게 혹시 모를 오류가 안생기는듯 하다.
pip install bx-python==0.8.2
pip install pandas==0.18.0
pip install biopython==1.66
pip install pyvcf==0.6.8
pip install bcbio-gff==0.6.2
pip install numpy==1.11.0
pip install pysam==0.9.0
근데 pysam 설치하다가 또 오류남.
htslib/hfile_libcurl.c: In function ‘easy_errno’:
htslib/hfile_libcurl.c:93:10: error: ‘CURLE_NOT_BUILT_IN’ undeclared (first use in this function)
htslib/hfile_libcurl.c:93:10: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in
error: command 'gcc' failed with exit status 1
installed : /path-to/curl-7.50.3
export CFLAGS=-I/path-to/curl-7.50.3/include
Reference -
https://github.com/abishara/athena_meta/issues/1
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