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Racon 설치 및 실행하기

2017년 Genome Research에 나온 논문(http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116)에서 소개하고 있는 프로그램으로 long read polish에 관련되어 있는 프로그램이다.

Robert Vaser et al, Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads, Genom Research, 2017

2017/09/20 - [paper review] - Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads

설치는 매우 간단하다.

한 줄만 입력하면 bin 폴더와 bin/racon 파일이 생성된다.

README.md 파일을 보면 어떻게 실행해야하는지 설명이 간략하게 쓰여있다.

quliay value가 포함된 reads (반드시 fastq파일이 있어야 함), mapping된 파일 (paf/mhap/sam) 그리고 contig파일(fasta/fastq/gfa) 이 필요하며 마지막으로 outputfile이름을 적어주면 된다.

mapping 파일에 따라 --mhap 또는 --sam 옵션을 넣어주어야 한다. 마지막으로 --erc 옵션을 넣어주면 error correction을 할 수도 있다고 쓰여있다. 

mhap format으로 진행을 하려다가 mhap은 fasta파일만을 받는데 racon에서는 fastq파일을 요구해서 충돌이 일어나기때문에 여러 차례 시도 후에 그냥 bwa로 맵핑해서 진행했다.

input값만 제대로 넣어줬다면 consensus파일이 정상적으로 생성되는 것을 확인할 수 있다.

tutorial에서는 각 방식대로 진행할 수 있게 되어있는데 mhap이 제대로 작동하는지 example1_2-mhap-lambda.sh 으로 테스트 해보려 했으나 에러가 난다.

심지어 mhap은 minimap으로 align한 결과는 paf to mhap로 변환을 하고 있기 때문에 제대로된 mhap format을 확인할 수 없었다.

또한 dnadiff라는 명령을 인식하지 못하는데 이 프로그램은 MUMmer를 설치하면 해결할 수 있다.

2017/09/21 - [bioinformatics] - MUMmer 설치 및 실행하기