SRA data 다운로드받기

NCBI에서 SRA data를 받을 수 있는 방법은 세 가지 이다.

1. SRA Toolkit

NCBI SRA 다운로드 페이지 :

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/

압축을 풀면 바로 bin폴더가 생성되어 있고 이 중에 fastq-dump를 사용하여 받을 수 있다.

사용법은 

fastq-dump -A [accession number]

2. ascp utility

aspera 홈페이지 :

https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/50

sh 파일을 다운르도 후 root로 진행하면 된다. (보류)

3. wget

ascp가 고속 전송을 지원하기 때문에 FTP를 사용하는 것 보다 10배는 빠르지만 별도의 설치나 key파일을 필요로 하기 때문에 초기 셋팅이 번거롭다.

wget은 가장 간단하게 사용할 수 있지만 속도가 느리다.

wget /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/<first 6 characters of accession>/<accession>/<accession>.sra

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR304/SRR304976/SRR304976.sra

아래의 bash script를 만들고 "sh sradownload.sh SRR304976" 라고 입력하면 sra를 다운받아서 fastq까지 만들어준다.

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/${1:0:3}/${1:0:6}/${1}/${1}.sra

fastq-dump --split-3 ${1}.sra

Reference -

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/