root 권한이 필요함

새 서버에서 기존 파일들을 백업.

/etc/shadow

/etc/gshadow

/etc/passwd

/etc/group

옛날 서버에서 위으 파일들을 scp로 복사해옴.

계정 아이디와 비밀번호는 옛날 서버와 동일하지만 아직 홈 폴더가 존재하지 않음.

홈 폴더도 마찬가지로 복사해서 가져오거나 기존 파일들 백업하기 전에 미리 생성해놨다가 덮어씌워야함.

tar 디렉토리 지정해서 압축 풀기

원하는 경로에 압축을 풀고싶다면 아래처럼 입력하면 된다.

해당 폴더에 파일을 바로 압축을 풀어주니 미리 빈 폴더를 생성하고 그 폴더 안에 푸는것이 좋을 것 같다.

특정 파일이나 디렉토리를 남기고 모두 지우기

file.txt라는 이름의 파일을 남기고 나머지를 모두 지우기.

find . ! -name 'file.txt' -type f -exec rm -f {} +

디렉토리라면 type을 d로 바꾸고 rm 에 recursive 옵션을 추가하면 된다.

find . ! -name 'file.txt' -type d -exec rm -rf {} +

* 주의사항 

위의 디렉토리만 남기고 모두 지우기는 디렉토리 안의 파일도 모두 지움

디렉토리 수준에서만 적용하고 싶다면 아래처럼 사용한다

find . -maxdepth 1 ! -name 'file.txt' -type d -exec rm -rf {} +

여러 개의 파일을 남겨놓고 싶다면 아래처럼 추가 할 수 있다.

find . ! -name 'file.txt' ! -name 'file2.txt' -type f -exec rm -f {} +

Reference -

https://unix.stackexchange.com/questions/153862/remove-all-files-directories-except-for-one-file

리눅스에서 프록시 설정하기

neocomplcache vim plugin 설치하기

neocomplcache는 autocomplpop과 비슷한 자동완성 플러그인이다. vim에서 작업할 때 변수명이 길어지거나 외부 폴더 경로를 잡는데 유용하게 사용할 수 있다.

이미 선언한 변수도 가능하며

폴더에도 아래처럼 적용 가능하다.

아래의 목록이 떳을 때 방향키로 선택 후 엔터를 누르면 바로 적용된다.

설치 방법은 vim 플러그인 매니저를 사용하지 않고 메뉴얼하게 설치하는 방법만 설명하기로 한다.

git 저장소의 위치는 아래와 같다

다운로드 후 폴더를 열면 autoload, doc, plugin README.md 등의 파일이 존재한다.

이 폴더들은 그대로 ~/.vim/ 아래에 붙여넣으면 설치는 끝난다.

설치 후에 플러그인을 실행하기 위해서는 두 가지 방법이 있는데 

첫째는 vim 실행 후 명령 모드에서 아래 명령을 실행하는 것이며

두번째는 ~/.vimrc에 아래와 같은 명령을 작성하는 것이다.

vimrc파일이 없다면 생성하면 된다.

첫번째 방법은 vim을 실행할 때 마다 입력해줘야 적용이 되고 vimrc에 작성하는 방법은 vim을 실행할 때 마다 vimrc파일을 읽으면서 플러그인을 적용시키는 방법이다.

samba 설정하기

samba를 설치하는 방법은 다른 홈페이지를 참고. centos에서는 아래 명령어로 설치 가능하다

yum install samba

samba에 접속할 디렉토리를 설정하기 위해서 /etc/samba/smb.conf 파일을 수정해야 한다.

global 설정을 아래처럼 하고 특정 IP만 허용하고 싶으면 hosts allow 부분에 아이피를 넣어주면 된다.

home에 연결하기 위해서는 \\server\[username] 을 입력해주면 되고 특정 폴더에 연결하고 싶다면 \\server\TEST로 연결해 주면 된다.

awk 응용하기!

awk '{if ($1 ~ ">gga" || $1 ~ ">tgu") {print $1 ; getline ; print}}' mature.fa > mature.others.fa

줄의 시작이 ">gga" 또는 ">tgu"로 시작하는 줄에서 $1를 프린트 하고 라인을 읽고 전체 줄을 프린트한다.

mature.fa 파일은 mirbase에서 다운로드 받은 것으로 전체 종의 대한 mature miRNA sequence가 전부 포함되어 있다.

mirdeep2에서 유사종의 mature miRNA sequence만 가져오고 싶으며 또한 sequence id에 추가 설명 없이 1번 column만 포함되어야 하므로 위와 같은 코드를 구성하였다.

fasta 파일에서 contig 별로 sequence 가져오기.

contig의 형식은 아래와 같았다.

>로 시작하는 id는 substr를 사용해 숫자 부분만 가져오고 >로 시작하지 않으면 이전에 정한 id 변수 이름에 write.

awk '{if ($1 ~ ">") id = substr($1,8)} {print >> "jelly.out.break.fasta."id".txt"}' ../break/jelly.out.break.fasta

필요에따라 id를 변수로 지정하는 부분만 바꿔주면 될듯 하다.

fasta 파일에서 "|" 와 "_"로 이어져있는 id를 쪼개기.

MPC 설치하기

GMP, MPFR과 마찬가지로 GNU에서 제공하는 C library이다.

반드시 GMP, MPFR 설치 후 진행해야 한다.

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

2017/09/19 - [linux] - MPFR 설치하기

홈페이지는 - http://www.multiprecision.org/ 이다.

다운로드는 다운로드 탭으로 들어가면 된다. http://www.multiprecision.org/index.php?prog=mpc&page=download

1.0.3 버전으로 진행하였다.

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
tar zxf mpc-1.0.3.tar.gz
cd mpc-1.0.3
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPC --with-mpfr=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

MPFR 설치하기

GMP와 비슷하게 GNU에서 제공하는 C library이다. GCC 설치에 필요하다.

반드시 GMP를 설치한 후에 진행해야 한다!!!

2017/09/19 - [linux] - GMP 설치하기

홈페이지 - http://www.mpfr.org/

최신버전은 http://www.mpfr.org/mpfr-current/ 에서 다운로드 받을 수 있으며

현재 최신버전인 3.1.6 버전으로 진행하겠다.

wget http://www.mpfr.org/mpfr-3.1.6/mpfr-3.1.6.tar.bz2
tar -xvf mpfr-3.1.6.tar.bz2
cd mpfr-3.1.6
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/MPFR --with-gmp=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make install

gmp가 설치되어 있는 폴더를 넣어주어야 제대로 configure가 진행된다.

GMP 설치하기

GNU에서 제공하는 library로서 GCC 설치를 위해 필요하며 설치 방법을 소개하고자 한다.

최신 버전은 받기 위해서 홈페이지 - https://gmplib.org/ 에 접속한다. 

다운로드에 보면 여러 압축 방식으로 제공하고 있다.

tar.bz2 압축 파일을 받아서 진행하고자 한다.

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.1.2.tar.bz2
tar -xvf gmp-6.1.2.tar.bz2
cd gmp-6.1.2
./configure --prefix=/PATH/TO/INSTALL/GMP
make && make check && make install

정상적으로 설치되었다면 /PATH/TO/INSTALL/GMP/lib 폴더 안에 libgmp 파일을 확인할 수 있다.