Be great

HLA는 MHC의 한 부분이다. HLA는 세포 표면 단백질 항원으로 모든 유핵 세포 표면에 발현되어 있고 면역세포가 '정상적인 자가 세포'인지 아닌지 판단하는 지표로 사용한다.

염색체 6p21에 약 3Mbp 정도의 크기이며 polymorphic하다. 후술하겠지만 locus에 따라 수만 종류의 allele이 밝혀졌으며 여전히 밝혀지지 않은 allele들도 다수 존재하는 것으로 보인다.

HLA는 Class I(A, B, C), Class II(DP, DM, DO, DQ, DR) 그리고 Class III로 이루어져 있다.

Class I은 세포 내에서 외부로 펩타이드를 제시한다. 만약 세포가 바이러스 등 외부 요인에 의해 감염되었다면 그 조각을 세포막 외부에 제시하고 killer T-cell 등이 이를 인지하고 면역 체계를 발동시키도록 하는 역할이다. 

Class II는 세포 밖에서 항원을 제시하여 T-림프구가 이를 인지하도록 한다. T-림프구가 이를 인지하면 T-helper 세포를 자극시켜 이 항원에 대응하는 항체를 가지는 B세포의 합성을 유도한다. 

Class III는 complement system 또는 complement cascade라고하는 면역 체계를 활성화 시킨다.

HLA는 주로 장기 이식 거부 반응이나 자가면역 질환(1형 당뇨, 실리악 스프루 등)과 연관이 깊다.

HLA는 변이가 매우 잘 일어나기때문에 동일한 HLA allele을 가지는 사람이 있을 확률은 매우 낮다. 장기 기증을 신청하면 HLA genotype을 미리 조사했다가 같은 type의 수여자가 생겨나면 알려주는 식으로 진행되며 가족일 경우 확률이 높은 것은 당연하다. 

HLA의 명명법은 위와 같다. Field 1은 2digit, Field 2는 4digit 등으로 말하기도 한다.

최신 업데이트의 HLA database는 IMGT-HLA database에서 얻을 수 있다.

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/

출처 -

https://en.wikipedia.org/wiki/Human_leukocyte_antigen#Functions

http://hla.alleles.org/nomenclature/naming.html

에어팟 9개월 버즈 1개월 사용 후 실사용 리뷰.

에어팟은 아이폰7에 연결해서 썻으며 버즈는 갤노트 10+에 연결해서 썻기 때문에

기기차이에의한 보정은 없었다. 개인적으로 폰에 의한 차이는 별로 없을 것이라고 생각한다.

에어팟 (9 개월)

- 디자인 감성 ( 개인적으로 호감이 가는 디자인은 아니나 익숙해져버려서 못생겼다고 생각도 안든다.).

- 오픈형 이어폰 ( 커널형으로 바꿔주는 실리콘을 써드파티에서 따로 팔지만 크게 효과가 있지 않다 그래도 없는 것 보단 나았다.)

- 케이스를 꾸미기 좋다. 단 에어팟 내부에 생기는 철가루(?) 같은 것을 청소하기 많이 까다롭다. 스티커를 사서 붙이면 되나 이것도 소모품이라 유지비가 든다.

버즈 (1 개월)

- 디자인 역시나 보통. 특별히 이쁘게 느껴지는 부분 없다.

- 커널형 이어폰. 주변 소리 잘 차단되지만 주변 소리 듣기 기능을 켜면 이어폰 착용 중에도 대화에 불편함은 없다. 단 이미 소리가 나오고 있으면 잘 안들리기때문에 재생종료->주변소리듣기켜기  두 단계를 진행해야한다.

- 가격이 조금 더 저렴하다.

에어팟을 쓸 때 은근히 불편했던게 귀에서 빼서 자동 재생정지가 됐을 때 다시 착용하면 소리가 안나올 때가 간헐적으로 있다. 핸드폰에서 직접 다시 재생을 눌러야만 나왔다. 왜 그런지 모르겠으나 은근히 신경쓰였는데 버즈는 그런 부분은 없다.

어떤 기기를 쓰느냐에따라 기능에 제한이 있을 수도 있는데 그런 부분은 테스트 못하였다.

삼성 고속 무선충전패드 EP-P1100BBKGKR 2주 실사용 리뷰

장점

- 저렴함 쿠팡 기준 2만원 이하.

- 충전시 대충 올려놓기만 하면 되는 편리함

단점

- 구성품에 케이블이 포함되어있지 않음.

- 충전 속도가 유선에비해 1/2 수준. (걸리는 시간이 약 2배)

- 갤럭시 워치 액티브2는 충전 불가. (다른 갤럭시 워치는 확인 불가)

- 세워서 거치 불가.

사진은 사이즈 비교를 위해 텀블러와 비교샷. 대략 성인 남성 손바닥크기정도로 생각보다 작음.

충전시간이 오래걸리더라도 회사에서 놓고 쓰기엔 충분함. 매 번 케이블은 꽂아야하는게 은근히 불편한데 폰 안만지는 시간에는 그냥 올려놓기만해도 거의 완충상태 유지 가능함. 

액티브2 충전 불가능해서 상당히 아쉬움. 듀얼 충전기는 가격이 약 5배 수준이고 충전 슬롯은 하나여도 충분한거 같아서 안샀는데 지원 가능한 모델이 있었으면 조금 더 비쌌어도 그걸 샀을거 같음.

버즈는 아직 시도해보지 않았는데 아마도...되지 않을까 싶음. 배송 도착하면 충전 여부 업데이트 할 예정.

버즈 충전 잘 되는것을 확인.

SnpEff는 기본적으로 지원하는 genome 데이터가 있지만 manual하게 빌드하여 SNP의 효과를 예상 할 수도 있다.

SnpEff 설치 후 설치 폴더 내에 생성되는 snpEff.config 파일을 수정해 주어야 한다.

/PATH/TO/INSTALL/SnpEff/snpEff.config 파일 내에 아래 내용을 추가한다.

# genome for test 
test.genome : testtest

test.genome의 test가 이 genome의 식별 코드이다. 뒤에 testtest는 어떠한 영향을 주는지는 잘 모르겠다. 다른 글을 참조했을때 보통은 종 이름을 쓰는 듯 하다.

이후에 /PATH/TO/INSTALL/SnpEff/ 폴더 내에 /data/test/ 폴더를 생성하고 빌드하고자 하는 genome 서열과 annotation 파일을 아래의 형식으로 옮긴다.

mkdir data/test/
cp original_genome.fasta data/test/sequences.fa
cp original_annotation.gtf data/test/genes.gtf

모든 준비가 완료되면 빌드를 시작한다.

java -jar snpEff.jar build test

su (substitution user)는 리눅스 내에서 user를 바꾸는 명령어다.

su [user] 를 사용함으로 해당 유저로 변경 가능하다.

su는 user를 바꾸기만하고 대부분의 환경 변수는 이전 user의 것을 따라간다.

su-는 유저를 바꾼 후 다시 shell에 접속한다. 즉 환경변수가 새로운 user의 것으로 바뀐다.

번외로 su 이후에 user아이디를 입력하지 않으면 root로 접속하겠다는 의미이다.