_PAR_Y in Genecode annotation

_PAR_Y in Genecode annotation

htseq-count를 돌렸는데 genecode annotation을 사용하였다.

결과로 나온 gene_id 중에 _PAR_Y라는 태그가 붙어서 나오는 것을 확인하였다.

특이하여 genecode 홈페이지에 직접 들어가서 무슨 의미인지 확인해보니 염색체 Y의 "pseudoautosomal region" (PAR)에 존재하는 유전자라는 뜻으로 염색체 X와 Y에 동일한 서열부분에 존재하는것을 의미한다. 

실제로 annotation file을 열어보면 염색체 X에는 "ENSG00000124333.15_2"라는 gene_id가 염색체 Y에는 "ENSG00000124333.15_2_PAR_Y"라는 gene_id가 존재하는것을 확인할 수 있었다.

source -

https://www.gencodegenes.org/faq.html