GLOOME 설치 및 실행하기

GLOOME 설치 및 실행하기

2010년 Bioinformatics에 출판된 논문(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq549)에서 소개하고 있는 프로그램으로 유전자의 presense와 absense정보를 받아서 트리로 그려주는 프로그램이다.

Ofir Cohen et al, GLOOME: gain loss mapping engine, Bioinformatics, 2010

web page http://gloome.tau.ac.il/로 가면 fasta file로 input을 받는다.

fasta 형식은

>speciesA

10001100110

>speciesB

11001100110

각 1/0은 같은 유전자의 유무를 binary로 나타내면 된다. 

위의 예시에서는 2번째 위치의 유전자가 A에서는 없고 B에서는 있는 것이고 그 외의 둘 다 0이거나 1인 경우는 동일하게 가지고 있거나 가지고있지 않거나를 의미한다.

위의 프로그램은 그림을 그려주기는 하나 java 에러가 나서 ph파일까지만 이메일로 받고

http://iubio.bio.indiana.edu/treeapp/treeprint-form.html 웹사이트에 가서 ph파일에서 tree.pdf 파일로 변환.