Genome으로부터 sequence 가져오기.

Genome으로부터 sequence 가져오기.

gtf, gff, bed format 등으로부터 sequence를 가져와야 할 때가 자주 생긴다.

julia에서 주의해야할 점은 start index가 0이 아니라 1이라는 것이다.

Plus strand일 경우 그냥 가져오면 되지만

Minus strand 일 때는 reverse complimentary한 sequence를 가져와야 한다.

comp = ['G' => 'C', 'T' => 'A', 'A' => 'T', 'C' => 'G', 'g' => 'c', 't' => 'a', 'a' => 't', 'c' => 'g']

if strand == '+'

sequence = reference[chromosome][startpos:endpos]

elseif strand == '-'

sequence = reverse(map(x -> comp[x] , reference[chromosome][startpos:endpos])

end

comp라는 dictionary를 만들어서 각각 대응되는 염기를 넣는다.

strand가 + 일 경우 genome sequence를 넣어둔 reference라는 dictionary에서 chromosome을 넣고 start와 end coordinate를 넣어주는 것으로 sequence를 가져오면 되지만, - 일 경우 +와 동일한 방법으로 가져온 sequence를 complimantary하게 바꾼 뒤 reverse함수를 사용해서 뒤집는다.