Arguments in R

Rscript를 사용할 때 argument를 input으로 받는 방법.

args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

species <- args[1]

inputfile <= args[2]

Rsciprt test.R human hg19.fasta

argument를 더 복잡하게 쓰려면 optparse라는 라이브러리를 써도 되지만 간단하게 정리하고 싶다면 위와 같이 작성할 수 있다.

추가로 argument를 입력하지 않았을 때 간단한 설명을 넣고 싶다면 아래와 같이 하면 된다.

if(length(args)==0 {

stop("All argument must be supplied ex) human hg19.fasta",call.=FALSE))

}

argument가 하나도 들어오지 않았다면 ERROR 메세지 뒤에 정해놓은 문자열을 출력하고 자동 종료된다.